土地使用权抵押有普通抵押与最高额抵押的选择风险。如果选择普通抵押，风险比选择最高额抵押风险要小。
单一抵押与重复抵押的选择风险。随着《物权法》的实施，土地使用权重复抵押现象普遍增多，其风险比单一抵押要高很多，由于先设定抵押权的债权优先，后位抵押权的债权实现受到前位抵押权的影响。
房地统一抵押与单一土地使用权或房产使用权抵押选择风险。对于国有土地使用权而言，如果无地上定着物，则国有土地使用权可以单独设定抵押；如果存在地上定着物，则无论是以房产作抵押还是以房屋占用范围内的土地使用权抵押，都必须坚持“房地一致”的原则，以土地使用权抵押的，房产同时抵押；以房产抵押的，其占用范围内的土地使用权同时抵押。
具体表现为由于没有房屋权属证明或者单个抵押一方的价值已经足够等原因，借款方只愿意抵押房屋或只提供土地使用权抵押，不能或不愿同时提供二者合一的抵押，使该抵押担保产生法律风险。但是对于以商品住宅或商铺抵押贷款而言，登记部门仅凭房屋产权证明办理抵押登记，实现抵押权时，人民法院可以查封，并可以根据抵押权人的申请，依法拍卖、变卖或者抵债，经登记的土地使用权抵押不受法律保护。
